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2002年底，学校决定建设第五公共服务平台，即科学计算平台（超级计算平台）。2003年10月初步建成中国科大-中国惠普高性能运算联合实验室，后经几年的不断发展扩建，逐步建设成为现在的中国科学技术大学超级计算中心（简称超算中心）。
超算中心是学校六大公共实验中心之一，挂靠中国科学技术大学网络信息中心，中心主任为网络信息中心主任李京，副主任为网络信息中心主任助理李会民。中心设有专家组，主要负责对超算中心的建设、运行、管理和发展等提出指导和咨询意见，对超算中心的重大问题，包括软硬件建设和运行资金的筹措与资源的使用等做出决策和决定。专家组组长为杨金龙教授，专家组成员：陈华平、陈晓非、丁泽军、傅尧、李京、陆夕云、盛六四。
本着推动科学计算、促进人才培养的建设方针，中心面向校内所有有高性能计算需求的科研院系、实验室、教师、学生提供高性能计算服务，建有“研究生超级计算实验训练中心”培训超级计算相关人才，并建有苏州分中心提供基于寒武纪智能芯片的超级计算资源等。
2013年9月，新建成的位于校东区新图书馆一楼的超级计算中心机房（机房简介、服务器托管），可为校内提供更多优质高效的计算资源与服务。
超算中心积极争取资源与合作，目前：
- 中国国家网格(CNGrid)合肥中心（2005年）和中国国家网格(CNGrid)合肥运行中心（2016年）
- 中国科学院超级计算环境和GPU分中心（2010年）和合肥分中心（中科大）（2014年）
- 国家超级计算天津中心中科大分中心（2012年）
- 中国教育与科研网格项目(ChinaGrid)中科大子节点（2013年）
- 超级计算创新联盟理事单位（2014年）
- 安徽省高校科研协作高性能计算公共平台（2014年）：由我校超算中心建设，对安徽省教育和科研计算机网高校用户提供高性能计算服务。
- 与合肥微尺度物质科学国家研究中心材料基因团队共建高通量量子材料基因库计算平台（2016年）
中心现有系统的总理论计算能力达到687.15万亿次/秒，其中CPU计算能力为515.5万亿次/秒，GPU计算能力为145.36万亿次/秒、MIC计算能力为26.28万亿次/秒：
超算中心同时服务社会，向校外提供一定的资源服务及技术支持。欢迎校内外有高性能计算需求或对高性能计算感兴趣的用户申请使用超算中心的计算资源。 | 
